En 2194, des êtres mystérieux, connus sous le nom de Gamilons, apparaissent soudainement de l'espace. Les Gamilons larguent des bombes météores sur Terre et tuent la plupart des habitants.
Cinq ans plus tard, en 2199, la Terre est toujours contaminée par les radiations des bombes météores. Ceux qui restent vivent sous terre.
Susumu Kodai ( Takuya Kimura ) est un ancien pilote de l'armée aujourd'hui à la retraite. Un jour, alors qu'il explore la surface, il tombe sur une capsule de communication provenant de la planète Iscandar, située à 148 000 années-lumière de la Terre. Susumu Kodai est capable de vérifier que sur Iscandar, ils disposent d'une substance pour éliminer les matières radioactives qui sévissent à la surface de la Terre.
Afin de récupérer la substance d'Iscandar, la Force de défense de la Terre construit le cuirassé spatial Yamato. Susume Kodai sort de sa retraite et dirige l'équipage qui pilotera le cuirassé spatial Yamato. Alors qu'il ne reste qu'un an avant que les radiations ne conduisent la Terre à l'extinction complète, Susume Kodai et son équipage commencent leur grande bataille...
Remarques
Actrice Erika Sawajiri a été initialement choisi pour jouer le personnage de Yuki Mori, mais a ensuite été remplacé par l'actrice Meisa Kuroki .
Le tournage a débuté le 12 octobre 2009 avec un budget prévu à 22 millions de dollars américains.